Le microbiote intestinal humain, dont la densité atteint son maximum dans le côlon distal avec 10¹¹ bactéries par gramme de contenu, est composé de centaines d’espèces. Les études moléculaires du microbiote fécal dominant ont conduit à la description d’une diversité d’espèces qui apparaît essentiellement spécifique de l’individu sain. Cependant, l’analyse de sa composition en taxa (genres bactériens et/ou grands groupes phylogénétiques) fait ressortir l’existence de composantes récurrentes, retrouvées chez tous les individus. Les groupes phylogénétiques dominants de la microflore fécale de l’adulte sont Firmicutes, Bacteroidetes et Actinobacteria.

Après une phase de colonisation lors des premiers mois de vie du nouveau-né, l’écosystème microbien intestinal d’un adulte sain possède la capacité à résister aux perturbations extérieures, sans que les mécanismes sous-jacents à cette homéostasie soient encore identifiés.

Hundreds of species compose the human intestinal microbiota, which reaches its highest density in the distal part of the large bowel, with up to 10¹¹ bacteria per gram of content. Molecular studies have demonstrated that the species and sub-species diversity of the human fecal microbiota tend to be specific to a given healthy individual. However, when observed at taxa level, (bacterial genus and/or major phylogenetic groups) its composition appears similar among all healthy individuals. The dominant phylogenetic groups of human fecal microbiota are the Firmicutes, Bacteroidetes and Actinobacteria.

After the colonisation process, occurring during the first few months of infant life, the human intestinal microbiota of a healthy adult demonstrates the ability to resist external perturbations. The mechanisms underlying such homeostasis phenomenon are yet to be characterised.